Das Naturschutzgebiet "Helgoländer Felssockel" befindet sich rund um die Hauptinsel sowie um die Düne und setzt sich aus zwei Teilgebieten zusammen. Mit 5138 ha ist es das größte Naturschutzgebiet Schleswig-Holsteins. Der Felssockel, der bis in eine Tiefe von 48 Metern reicht, bildet an einigen Stellen das Felswatt, das dem Rhythmus der Gezeiten unterworfen ist und regelmäßig trocken fällt. Die älteste Gesteinslage, der Bundsandstein, dessen rote Färbung auf Anteile an Eisenoxid zurückgeht, stellt in der Umgebung aus Sand und Schlick den Besiedelungsuntergund für eine einzigartige Flora und Fauna dar.

Die Helgoländer Algenvegetation besteht aus etwa 400 verschiedenen Arten und ist an wechselnde Trocken- und Naßphasen in der Gezeitenzone des Felswatts angepaßt.

Tier- und Pflanzenwelt

Der durchschnittliche Tidenhub von 2,30 Metern macht eine besondere Anpassung der hier vorkommenden Tier- und Pflanzenarten nötig. Hervorzuheben ist die Algenvegetation aus etwa 400 verschiedenen Arten von Grün-, Braun- und Rotalgen sowie verschiedenen Tangen, wie z.B. Drehtang, Blasentang, Sägetang, Zuckertang und Palmtang. Auch die im Felswatt lebenden Tiere müssen an die Gezeiten angepaßt sein. Um nicht weggeschwemmt zu werden, sind sie entweder ortsfest, wie z.B. Schwämme, Hydroidpolypen, Seeanemonen, Moostierchen und Seepocken oder mit kräftigen Haft- und Klammerorganen ausgestattet wie Seeigel, Flohkrebse, Schnecken, Asselspinnen und Mieschmuscheln. 

Um nicht weggeschwemmt zu werden, haftet sich die Seeanemone an den felsigen Untergrund.